Das heutige kulturkloster altdorf ist eng mit der langjährigen Geschichte der Korporation Uri verbunden. Mit der Gründung des Kapuzinerklosters Altdorf im Jahre 1581 entstand zwischen dem Alten Land Uri und der Kirche eine enge Verbindung, welche in der Korporation Uri bis in die Gegenwart nachwirkt.
Im Mittelalter hatte ein schleichender Zerfall der Gläubigkeit bei der Bevölkerung stattgefunden. Kardinal Karl Borromäus, Erzbischof von Mailand, holte im Auftrag des Landes Uri Kapuziner aus Italien, welche mithelfen sollten, eine moralische Erneuerung der römisch-katholischen Kirche herbeizuführen. Als Gegenleistung für ihr kirchliches und seelsorgerisches Wirken gewährte das Land Uri, die Besitzerin des Klosters, den Ordensbrüdern unentgeltliches Wohnrecht. Anfänglich bestand die Liegenschaft nur aus einem kleinen Holzhäuschen mit einem Kirchlein. Ihren täglichen Lebensbedarf deckten die Kapuziner mit freiwilligen Gaben und Almosen.
Uri’s Bevölkerung schätzte die Arbeit der Franziskanergemeinschaft. Die Landsgemeinde entschied 1717, dass die Obrigkeit nicht nur für den Unterhalt der Gebäulichkeiten aufkommt, sondern auch – falls die Einkünfte der Ordensbrüder nicht ausreichen sollten – das Nötige aus dem Landseckel berappt wird. Diesen Grundsatz befolgte auch die Korporation Uri, nachdem sie als Folge der Totalrevision der Kantonsverfassung das Kapuzinerkloster 1888 als Erbe des Alten Landes Uri und des Bezirkes Uri übernahm. Nach dem Dorfbrand von 1799, bei dem das Kloster völlig abbrannte, wurde es im Jahre 1804 wieder aufgebaut. Seither wurde mehrmals renoviert und erweitert. Der Korporation Uri war es immer ein Anliegen, mit ihren jährlichen Aufwendungen ein kostbares Erbe zu erhalten und weiterzuführen. 1953 schlug die Kapuzinerprovinz vor, die Anlage aus Sorge um deren Zukunft in eine Stiftung zu überführen. Dieser Vorschlag wurde von der Korporation abgelehnt. 1966 verpflichtete sich der Rat vertraglich „für ewige Zeiten“ dazu, zum Kloster Sorge zu tragen.
Als sich drei Jahrzehnte später bei der Kapuzinerprovinz Nachwuchsprobleme abzeichneten, nahm das der Korporationsrat zum Anlass, die gegenseitige Beziehung zu überdenken. In einem neuen Vertrag legte man fest, dass die Kapuziner das Kloster unentgeltlich benützen dürfen, die Korporation für Unterhalt und Investitionen aufkommt und Beiträge an die Nebenkosten zahlt. Als Gegenleistung setzen sich die Kapuziner für die Förderung und Erneuerung des religiösen Lebens ein, begleiten Menschen als Seelsorger und wirken im kirchlichen Alltag mit. Sollten die Kapuziner das Kloster einmal verlassen, wäre die Korporation in dessen Weiterverwendung frei. Nach der bisherigen Regelung hätte man die Liegenschaft in einem solchen Fall für einen verwandten Zweck zur Verfügung halten müssen. Was allgemein befürchtet wurde, traf dann zehn Jahre später ein. Die Kapuzinerprovinz hatte entschieden, das Kloster Altdorf wegen fehlendem Nachwuchs aufzugeben. Als 2009 die letzten Kapuziner das Kloster verliessen, beschloss die Korporation als Eigentümerin, dass dieser geschichtsträchtige und für den Kanton Uri bedeutende Ort seinen klösterlichen Charakter beibehalten soll. 2010 wurde deshalb die Liegenschaft einer privaten Pächterschaft übergeben, welche aus dem ehemaligen Kapuzinerkloster ein bedeutendes Kultur- und Seminarhaus entstehen liess. Seit 2020 führt der „Verein kulturkloster altdorf“ zusammen mit einem Leitungsteam den Betrieb. Auf der Basis einer Leistungsvereinbarung zwischen der Korporation Uri und der neuen Trägerschaft soll das kulturkloster altdorf im bisherigen Sinn und Geist erhalten und weiterentwickelt werden.